Los orígenes del Tercio de Cerdeña son bastante confusos, pudiendo utilizarse al principio el nombre de Tercio de Córcega o de Bracamonte, debido a que sabemos que fue Córcega su primer destino, bajo poder de la República de Génova, aliada de España, donde se estaban produciendo una serie de revueltas pagadas con dinero de Francia, que había tenido que renunciar a sus pretensiones sobre la isla tras los acuerdos de Cateau-Cambresis, en 1559.
El líder de estas revueltas era un tal Sampietro Corso que, como se ha dicho, con la ayuda francesa había logrado levantar un pequeño ejército que amenazaba el control genovés sobre la isla. En sus pretensiones de poder, no había dudado en contactar con el Turco prometiéndole puertos en el territorio desde donde amenazar las posesiones españoles a cambio de una flota de galeras, pero las negociaciones fracasaron. Sin embargo, desconociendo el alcance de las intenciones de Corso, los españoles se tomaron muy en serio la amenaza que representaba, por lo que Felipe II se decidió a levantar una fuerza en Italia y enviarla a Córcega.
Las revueltas de 1564 en Córcega suponían una clara amenaza al equilibrio de poderes por lo que, tras finalizar la recuperación del Peñón de Vélez de la Gomera el 6 de septiembre de 1564 por García Álvarez de Toledo, marqués de Villafranca y virrey de Cataluña, quien contaba con unas 150 embarcaciones, incluyendo más de 90 galeras, el rey ordenó el envió de parte de la tropa que había sido usada en aquella empresa, para poner en buen orden Córcega. Mientras esto sucedía, una fuerza de 1.500 infantes lombardos se había levantado en Cremona bajo el mando del capitán Lorenzo Suárez de Figueroa, quien acudió a Córcega para auxiliar a los aliados genoveses contra los rebeldes.
