Al éxito diplomático de la Unión de Arras le había seguido el militar, pero aún así Farnesio parecía no contar con la total confianza del monarca ya que, cuando según lo acordado en el tratado hubo de nombrarse un nuevo gobernador para los Países Bajos, éste otorgó el cargo a Margarita de Parma, la madre de Alejandro. El 8 de marzo de 1580 recibió la hermana del rey sus instrucciones y partió hacia Flandes, escribiendo desde Luxemburgo a su hijo diciéndole que esperaba que se encargase del ejército y la auxiliase como gobernadora. Farnesio lo rechazó, considerando, tal vez, que ese no era el puesto que le correspondería a alguien que había pacificado Flandes y había tomado Maastricht.
El 12 de agosto de 1580 se encontraron al final Alejandro y su madre, quien estaba acompañada de la hija mayor del primero, de 12 años de edad. Farnesio se negó a compartir el poder y así se lo hizo saber tanto a su madre como a los secretarios reales Granvela e Idiáquez. Era evidente que se había generado una crisis que amenazaba con llevarse por delante todo lo conseguido desde que Juan de Austria se viese contra las cuerdas, por lo que Margarita escribió a Felipe II, su hermano, indicándole que renunciaba al gobierno. A su vez, el Consejo de Estado de los Países Bajos tenía claro que era Farnesio quien debía gobernar aquel país, y así se lo pidió a finales de octubre.